章节 B – 计算质量值
1 – 质量文件
计算质量值是 GPMAW 中处理序列的核心。由于质量值的使用方式各不相同，因此采用灵活（虽然略显复杂）的方式进行计算。
肽/蛋白质质量值基于质量文件计算。这些文件由残基构成。每个残基包含：1字母和3字母代码、残基名称、原子组成、侧链 pKa 和电荷。残基由 1 字母代码定义，这也是序列在内存/磁盘中的存储方式。
该表格通过菜单 Edit | Edit mass file 进行编辑，其中包含氨基酸残基、肽末端和原子质量值的表格。
原子质量表：
质量计算的基础是组成，而组成又基于原子质量值表。默认情况下，该列表包含 16 种最常见原子的单同位素和平均质量值，但可以扩展到 24 个值。
注意，质子的质量是单独定义的。
质量文件：
质量文件在程序启动时加载，是计算肽和蛋白质序列质量值的基础。
默认情况下，GPMAW 附带多个文件，这些文件仅在半胱氨酸的组成（质量值）上有所不同。当前加载的质量文件显示在主工具栏的 'SS' 按钮
旁边。默认文件名为 AA_mass.MSS。如果您通过下拉框选择新文件来更改活动质量文件（即点击箭头并选择），所有打开的蛋白质和肽的质量值将更改为新文件中定义的值。
注意：这是更改所有同类残基质量的最简单方法。请注意，半胱氨酸（Cysteine）的计算方式与其他所有氨基酸不同。如果您将 Cys 定义为还原状态，程序会将其更改为氧化状态（即质量值 103 将更改为 102）。Cys 的氧化步骤通过 'SS' 按钮控制。当按钮显示 'SS' 时，Cys 将按 102 Da 计算；当按钮按下并显示 'SH' 状态时，Cys 将按 103 Da 计算。如果在当前质量文件中将 Cys 定义为 102/103 Da 以外的值，SS 按钮将处于非活动状态。
使用质量文件的最典型*示例*是当您对蛋白质进行烷基化时。例如，如果您用碘乙酰胺还原并烷基化半胱氨酸，只需将质量文件从 AA_mass.MSS 更改为 acetamide.MSS，所有质量值都将基于 Cys = 161 Da。
末端：
这是一个与质量文件分开的表格，用于指定 N 末端和 C 末端的状态。通过点击序列窗口中的末端按钮
，您将打开一个对话框，使您能够选择末端的化学状态。末端在上述同一对话框中进行编辑。
2 – 更改质量的其他方法
除了如上所述的全局方式更改残基质量外，您还可以单独修改每个残基。
如果您右键单击蛋白质残基，弹出菜单将显示 'Modify –Xxx-' 选项，该选项有一个子菜单，详细列出了该特定残基可用的"简单"修饰。选择其中之一会将修饰放入序列表中，质量值将重新计算。每当残基被修饰时，它将在序列中以红色显示。
注意：修饰将被带入肽窗口和其他几个窗口。当您修改序列后，需要保存它以"保留"修饰。如果您"取消选中"菜单底部的 'Strict modification check'，您可以为任何残基选择任何"简单"修饰（尽管它可能没有任何生物学或化学相关性）。
您也可以双击特定残基以打开 'Insert modification' 对话框。在左上角的框中，您将看到残基和编号，这些可以更改。右侧的两个下拉按钮将使您能够替换残基或插入"简单"修饰（与上述相同的菜单）。
中央框列出了当前加载的修饰文件（见下文）中可用的修饰。您可以双击或使用 'Select' 按钮将值传输到上面的编辑框。这些也可以直接填写。选择 'OK' 将把信息传输到序列中选定的残基。四个底部面板只会将相应的颜色作为背景传输到残基。
修饰文件
这是一个包含多达 30 个针对一个或多个残基的特定修饰的文件。您可以拥有任意数量的文件，但任何给定时间只能加载一个。除了 'Insert modification' 对话框外，修饰文件还用于许多其他功能（例如，质量搜索）。
修饰文件通过 Edit | Edit modification file 进行编辑。对于每个修饰，您需要编辑名称、公式、有效残基（如果未指定，则全部有效），OK 框使您能够仅启用某些条目。电荷、pKa 和末端是可选的。当前选定条目的质量显示在右侧。可以在底部打开 Unimod 文件，您可以通过双击 Unimod 条目将条目选择到修饰文件中。如果您不知道修饰的化学组成，可以通过选择空行并单击 'Mass only' 按钮来输入它。修饰文件必须保存到磁盘后才能在 GPMAW 中使用。
400-621-1085
