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平均质量
GPMAW 中碳的平均质量IUPAC 将碳的平均质量定义为 12.011，自然分布范围为 12.0096 到 12.0116。GPMAW 最初使用这个值，但随着高质量仪器变得越来越精确，需要更准确的值。因此，碳的平均质量已被修订为 12.0107，这似乎是一个普遍认可的值。多年来，这个值一直是 GPMAW 使用的默认值。 然而，由于升级 GPMAW 安装不会覆盖用户可访问的文件（其中包括标准的 GPMAW.MSS 文件），一些用户可能仍然保留旧的值 12.011。虽然 0.0003 Da 的差异很小，但当计算含有 2200 个碳原子的 IgG 重链的质量时，这相当于 0.66 Da，对于完整的 IgG 则接近 2 Da。 如何处理：如果您使用 GPMAW 计算质量的蛋白质来校准质谱仪，应该没问题。但是，如果您使用其他人（例如仪器制造商）计算的标准，您必须检查使用了哪个碳质量值。 在 GPMAW 中，您选择 Edit | Edit mass table（或按 Ctrl+Alt+A），您将获得原子分子量表：
按下Default按钮，表格中将填充默认值，其中包括碳的平均质量值为 12.011。硫的含量也可以从旧值 32.066 更改为 32.065。
在此表中，您可以查看和修改各种原子的平均质量值，包括碳、氢、氧、氮等。确保碳的平均质量值设置为 12.0107 以获得最准确的质量计算结果。 修改后，保存质量表，GPMAW 将使用新的原子质量值进行所有后续的质量计算。这对于高精度质谱分析特别重要，因为即使很小的质量差异在分析大分子蛋白质时也会累积成显著的误差。 注意事项- 对于小分子肽段，0.0003 Da 的差异可能不明显，但对于含有大量碳原子的蛋白质（如抗体），这个差异会变得显著。 - 当与使用不同质量标准的实验室或仪器进行数据比较时，务必确认双方使用相同的原子质量值。 - GPMAW 提供了精确质量计算功能，如果需要最高精度的分析，建议使用单同位素质量而非平均质量。
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