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还原型半胱氨酸（Cys）当您使用标准质量文件 aa_mass.mss 时，Cys 被定义为组成 C3H4N1O1S1，因此其单同位素质量为 102.00 Da。在这种情况下，Cys 的氧化状态（即它是作为二硫键的一部分被氧化，SS，还是处于还原态，SH）由主工具栏中质量文件选择框旁边的“SS”按钮控制。
您现在可以通过点击 'SS' 按钮，在单击中将序列中的所有 Cys 残基从氧化状态更改为还原状态 - 按钮的图例将变为 'SH'。您还会注意到，桌面上的任何蛋白质的质量对于序列中的每个 Cys 残基都会增加一个。 如何修改所有我的 Cys 残基？分析蛋白质时执行的典型反应是还原和烷基化所有 Cys 残基，以破坏二硫键并使半胱氨酸抵抗意外修饰。在 GPMAW 中，最简单的方法是更改质量文件。这将导致重新计算所有包含质量值的序列窗口。 GPMAW 提供的默认文件如下：
通过编辑质量文件并以新名称保存，您可以创建其他修饰。 如何修改单个 Cys 残基？如果您需要修改单个残基，您可以双击该残基并在 Modify residue 对话框中输入修饰，或者您可以右键单击该残基并从弹出菜单中选择第二个选项，Modify Cys-xx，您可以在其中直接选择多个修饰。 如果您选择选项 Reduced Cys，将向指定的 Cys 残基添加一个氢原子，并且该残基将保持还原状态，因此您可以混合氧化和还原的 Cys 残基！ 当通过任一方法进行修饰时，Cys 残基将保持修饰状态，而不考虑 'SS' 按钮的状态。
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