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SILAC / AQUA 肽分析
使用SILAC和AQUA时，您使用的是含有重同位素（通常是13C和15N，但也可能使用氘）的合成氨基酸残基。如何在GPMAW中定义这些同位素？ 首先，您需要打开“Edit mass file dialog”，方法是转到主菜单并选择Edit | Edit mass file。然后点击“ Atomic weights选项卡，并滚动到列表底部。如果您已定义了所有条目（目前最多 30 个条目），则可以在此处replace部分条目；如果条目少于 30 个，则需要add新的条目。 在第一列中，输入原子的 1 或 2 个字母的缩写。标准质量文件的默认值为：Cx 代表碳 13，D 代表氘，Nx 代表氮 15。由于您处理的是同位素，平均质量没有意义，因此您只需输入与下图所示相同的平均质量和单同位素质量值即可。
然后单击“OK”并关闭窗口。原子表中的值保存在 .ini 文件中，而不是残基质量文件中，这意味着您必须关闭 GPMAW 并重新打开它才能加载质量值。 GPMAW重启后，从主菜单中选择要处理的残基质量文件（例如，如果要处理标准还原/氧化半胱氨酸，则选择aa_mass；如果要处理碘乙酰胺衍生的半胱氨酸，则选择acetamid）。然后，在“Mass file”选项卡上打开“Edit mass file”对话框。
SILAC对于 SILAC，您想要更改所有给定类型的残基，例如赖氨酸。然后点击赖氨酸的组成，点击元素组成编辑器（'计算器'）。然后将碳的数量改为 0，碳 13（Cx）的数量改为 6。选择 OK 并编辑任何其他需要更改的残基（例如典型 SILAC 实验中的精氨酸）。 然后选择 Save as 按钮并将表保存为新的残基质量文件（例如名称为 SILAC）。关闭对话框，关闭 GPMAW 并重新启动程序，新的质量文件将可在主工具栏的下拉框中选择。 AQUA同时使用重型和正常残基：如果您需要在同一序列中同时使用正常和重型残基，您需要使用残基质量表中的位置 21 到 30 将重型残基定义为新的残基。请记住，每个残基都需要一个独特的一位字母代码才能正常工作。
然后您必须编辑您的序列以将重型残基放置到位，例如从正常残基复制组成。在上面的示例中，单字母代码 B 和 U 已分别定义为重型赖氨酸和精氨酸。 现在，您可以使用常用名称保存质量文件（由于重型残基具有新名称，可以正常工作），或者您可以使用 Save as 以不同名称保存。要使用重型残基，只需使用新的单残基字母指定它们，例如 ASNLK -> ASNLB - 这将在三字母代码中扩展为 Ala-Ser-Asn-Leu-Lys -> Ala-Ser-Asn-Leu-LyH。 全部重型如果您在仅以 15N 为氮源的培养基中培养重组蛋白，您可以用重型变体替换所有氮元素。这可以通过在原子权重页面上点击 15N 按钮在 GPMAW 中最容易地模拟（见第一张图片）。由于这可以"即时"完成，因此在更改时无需保存质量文件。 其他如果您"只是"想要比较正常和重型残基的质量值，您可以在肽列表（来自消化）中使用肽窗口的 secondary mass table 功能（或"替代质量文件"）来做到这一点。
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