M-Chem:用于生物体系建模

 

Q-Chem 很高兴推出 M-Chem:一个用于建模大型生物分子系统的新型先进软件包。计划于7月下旬发布。亮点包括:

  • 用于分子动力学(MD)模拟的高性能MPI/OpenMP混合实现
  • 固定电荷(Amber)、极化(AMOEBA)和ReaxFF力场
  • Nose-Hoover恒温器和恒压器、共轭梯度自洽场以及用于求解多体力的新型扩展拉格朗日方案、周期性边界条件和粒子网格Ewald
  • 模块化前端,以更用户友好和可重现的方式简化标准力场和蛋白质-水模拟的参数分配和系统准备
  • 与ReaxFF的QM/MM集成
  • 可用于其他代码分析的轨迹格式

 

 

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GFP荧光团

M-Chem 包含的功能

AMOEBA力场

AMOEBA力场纳入了极化效应,相比传统的非极化力场提供了更高的精度。

Python接口

M-Chem包含基于Python的输入处理和系统溶剂化接口。

ReaxFF

ReaxFF是一种反应性力场,能够精确模拟断键和成键过程,使其在建模反应和材料时非常有用。

QForce

一个自动化的开源工具包,用于使用QM计算数据增强可迁移力场。生成的力场在不增加额外成本的情况下提供更高的精度。在此查看GitHub仓库!

快速并行性能

  • 混合MPI/OpenMP能力
  • 使用AMOEBA力场的分子动力学
  • Nose-Hoover恒温器和恒压器

Open-MP能力

  • 使用AMOEBA和MBUCB力场的分子动力学
  • 使用AMOEBA的单点计算,例如用于蒙特卡洛模拟
  • 使用AMOEBA的真空中分子动力学模拟
  • 使用共轭梯度和扩展拉格朗日方案(iEL/SCF和iEL/0-SCF)评估诱导静电AMOEBA项

M-Chem并行扩展性能对比

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M-Chem 将于今年7月下旬推出!敬请期待。

 

 

 

 

 

 


 

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