SnapGene 8.1.0
SnapGene 8.1.0 于 2025 年 5 月 20 日发布。
概述
SnapGene 8.1 更新了酶视图，以提供与其他表格视图一致的简化 UI，包括对文件导航和数据管理的大量改进，将多文件操作扩展到任何打开的文件以及项目搜索结果，并添加了许多新的着色选项，以增强数据的可视化效果。
简化的界面
在刷新的酶视图中，通过简化的可展开行轻松识别关键信息，该视图提供增强的过滤选项和更直观的滚动。“辅助结构”视图中的控件现在浮动在内容上方，并且结构列表和统计信息已现代化。
改进的搜索结果和作
添加、重命名、修改或删除文件时，实时搜索结果会更新，而改进的选择行为、过滤和排序选项使您能够更轻松地识别和修改文件。
添加一抹色彩
许多新的着色选项允许您可视化残留物及其相关的化学和跨膜特性，在侧面工具栏中找到按钮，并在浅色和深色模式之间切换。
导航和数据管理
通过简化的文件和文件夹面板高效导航、注释和管理质粒，现在可以在所有打开的序列文件上查看和执行批量注释和文件转换。聚焦于区域以放大更大的序列。
详细变化
- 增强的酶视图，具有灵活、现代、流线型的 UI 和可扩展的行
- “辅助结构”视图中的现代化控件、结构列表和统计信息
- 添加了将 SnapGene 文件和元数据发送到 Dotmatics Luma 的功能
- 通过侧面的“项目和文件”面板轻松导航和管理所有打开的文件在支持打印的对话框中添加了对全选和复制菜单操作的支持
- 将文件和文件夹面板选择与当前焦点文件选项卡同步操作
- 添加了新选项，用于选择在 SnapGene 启动时是恢复选项卡还是重新开始
- 批量注释、模拟、编辑和管理更多质粒和其他文件
- 通过将底部的按钮和其他命令移动到上下文菜单来简化文件和文件夹面板
- 改进了选项卡、搜索结果和文件夹面板的行为和上下文菜单选项的一致性
- 添加了隐藏文件扩展名的选项
- 将顶部栏中的“开始”按钮替换为“主页”按钮
- 将缩放控件重命名为“聚焦区域”，并在“地图”和“序列”视图中恢复了大于或等于 10 Kb 的序列的按钮
- 为“聚焦区域”添加了新的键盘快捷键 （Cmd/Ctrl+Alt+Z）
- 添加了一个选项，用于在单击和拖动项目之前按 Opt/Alt 在文件和文件夹面板中复制拖动的文件或文件夹。
- 改进了文件搜索结果的过滤和排序
- 在打开的项目中添加、重命名、删除或修改文件时自动刷新搜索结果
- 根据选定的搜索结果批量注释、编辑或管理您的质粒和其他文件
- 改进了搜索结果的选择行为
- 添加了对搜索结果的键盘支持，包括全选 （Cmd / Crtrl+A）、主页、结束、向上箭头、向下箭头、PgUp 和 PgDn
- 在侧面工具栏中添加了使用彩色图标的选项
- 添加了通过核苷酸和嘌呤/嘧啶对核苷酸序列进行着色的选项
- 添加了按化学性质（Zappo、Clustal X 和 DNASTAR）和跨膜趋势（Zhao 和 London）为蛋白质序列着色的选项。
- 添加了基于化学性质 （DNASTAR） 突出显示蛋白质比对的选项
- 修复了各种着色方法以正确处理简并残留物
- 可以通过顶部栏中的首选项菜单在浅色和深色模式之间轻松切换
- 添加了在按 Alt / Opt 时关闭选项卡而不保存到选项卡栏上下文菜单和 kebob 按钮菜单的操作
- 您现在可以使用“显示”按钮更改所选的酶组
- 添加了对在 Linux 上使用电子邮件登录激活 SnapGene 的支持
- 向“通用特征”数据库添加了特征并更新了“公共特征”数据库
- 添加了用于脊椎动物细胞基因组工程的 Tol2 系统
- 添加了 FLP 重组酶识别位点的 FRT3 变体。
- 添加 LOVTRAP 光遗传学系统的 LOV2 和 Zdk 组分，用于诱导蛋白质解离
- 添加了用于蛋白质纯化的蛋白 C 标签
- LexA 和 GAL4 功能中添加了其他说明
- 修剪了小鼠免疫球蛋白 k 轻链信号肽非前导 D 密码子和切割特征，使该特征真正匹配前导序列并在切割点结束
- 添加了以下 MW 标记
- 安捷伦 100-3,000 bp DNA 分子量标准品
- Qiagen QX DNA 大小标记 100bp - 2.5kb 分子量标准品
- Sigma Aldrich DirectLoad™ Plus 1kb DNA 分子量标准品
- 各种消息对话框中的现代化控件
- 信息面板中的现代化下拉菜单和复选框
- 改进了顶部工具栏中的边距和间距
- 更新了 Blast Selected DNA 命令，以默认为较新的 core_nt 数据库
错误修复
- 用于打印“信息”面板的恢复选项
- 确保工具提示不会部分显示在屏幕之外
- 查看文件搜索结果时清除文件和文件夹面板选择
- 修复了使用日语或中文 SnapGene 时自动选择默认聚合酶的问题
- 修复了在“酶”视图中显示长酶组名称的问题
- 修复了打开的窗口（如 Noncutters）有时会在“窗口”菜单中重复的问题
- 改进了“窗口”菜单中“项目”窗口的名称（如果没有文档选项卡处于活动状态）
- 修复了调整窗口大小的问题
- 修复了在文件和文件夹面板中单击和拖动项目时显示绿色加号指示器的问题，而这些项目将被移动而不是复制
- 修复了导出多个 RNA 文件时未列出导出格式的问题
- 修复了将凝胶从 macOS 查找器、Windows 资源管理器或桌面拖到文件和文件夹面板中的问题
- 修复了颜色导致无法读取多个序列对齐中的模糊基础的问题
- 修复了文档在对话框中仍在使用时关闭的各种错误，例如克隆、模拟琼脂糖凝胶或计算对齐
- 修复了在对特征或引物视图进行排序后渲染行分隔符时的视觉伪影
- 修复了工具提示在特征和底漆视图中立即消失的问题
- 修复了在克隆对话框中修改产品名称后，即使片段末尾不兼容，有时也会错误地允许克隆继续进行的问题
- 修复了渲染某些按钮的问题
- 修复了使用深色模式时指示文件已被删除时的文本颜色，以确保消息可见
- 提高了稳定性并修复了各种内存泄漏
- 修复了“特征”和“引物”视图中的“查找”键盘快捷键
- 确保未保存的更改始终以黄点显示
- 修复了在次要结构视图右上角显示显示按钮的问题
- 修复了更新菜单以在按下和释放 Alt/Opt 键时显示标准和替代操作的问题
- 修复了水平滚动时无法选择或显示序列视图中侧边工具栏下方显示的内容的工具提示的问题
- 修复了“删除选定的酶位点”对话框中的阅读框控件
- 修复了显示某些路线到参考的问题
- 修复了一个错误，该错误中指定为仅对齐一条链或参考序列的某个区域的选项被忽略
- 修复了缩放百分比、调整结构列表大小以及查看引物的二级结构时显示的其他消息的各种问题
- 修复了移动、重命名或删除的文件继续显示在主屏幕的“最近使用的文件”部分中的问题
- 确保在选择用于创建新琼脂糖凝胶的选项后激活“项目”窗口
- 修复了将多行文本复制并粘贴到其他程序中的问题
- 确保注释的负位置在特征和底物视图中正确显示
- 修复了“文件”菜单中的“导入”作指示在激活 SnapGene 时未解锁的问题
- 修复了阻止在多序列对齐中打印特征的问题
- 现在，在“特征”或“引物”视图中选择限定符其他注释属性会清除文档选择，以避免选择不明确
- 修复了在不使用“项目”窗口时模拟琼脂糖凝胶时默认使用所有打开的文件而不是可见文档的问题
- 在模拟琼脂糖凝胶时改变 MW 标记物时提高了稳定性
- 在计算二级结构后将 RNA 文件标记为具有未保存的更改
- 改进了导入 VectorNTI 导出的 GenBank 文件时的稳定性
- 提高了导入 VectorNTI 数据库时的稳定性
- 修复了有关打印为 PDF 的孤立窗口会显示在 Windows 上的打印选项对话框后面的问题
- 在打开未保存的琼脂糖凝胶的情况下戒烟时提高了稳定性
- 提高改变序列链时的稳定性
- 从 GenBank 导入时保留除法/序列类
- 修复了 macOS 上的 Dock 菜单中文档有时重复的问题
- 修复了在与特征和底漆视图中的限定符和其他注释属互时，编辑菜单中的全选和复制命令未启用的问题
- 修复了将多行文本复制并粘贴到其他程序中的问题
- 确保注释的负位置在特征和底物视图中正确显示
- 修复了“文件”菜单中的“导入”操作指示在激活 SnapGene 时未解锁的问题
- 修复了阻止在多序列对齐中打印特征的问题
- 现在，在“特征”或“引物”视图中选择限定符其他注释属性会清除文档选择，以避免选择不明确
- 修复了在不使用“项目”窗口时模拟琼脂糖凝胶时默认使用所有打开的文件而不是可见文档的问题
- 在模拟琼脂糖凝胶时改变 MW 标记物时提高了稳定性
- 在计算二级结构后将 RNA 文件标记为具有未保存的更改
- 改进了导入 VectorNTI 导出的 GenBank 文件时的稳定性
- 提高了导入 VectorNTI 数据库时的稳定性
- 修复了有关打印为 PDF 的孤立窗口会显示在 Windows 上的打印选项对话框后面的问题
- 在打开未保存的琼脂糖凝胶的情况下戒烟时提高了稳定性
- 提高改变序列链时的稳定性
- 从 GenBank 导入时保留除法/序列类
- 修复了 macOS 上的 Dock 菜单中文档有时重复的问题
- 修复了在与特征和底漆视图中的限定符和其他注释属互时，编辑菜单中的全选和复制命令未启用的问题
- 当存在多个尾端终止密码子时显示蛋白质特性
- 修复了在某些 macOS 系统上与引用对齐的序列无法正确对齐的问题，因为未显示垂直滚动条
- 确保在复活祖先序列时保留文件扩展名
- 确保在对 GenBank 序列执行批量操作时保留拓扑
- 修复了与未保存的 Gel 文档交互时的许多问题
- 修复了在只有一个 CPU 内核的计算机上执行查找相似 DNA 序列时可能发生的崩溃
- 打开“新建文件”选项卡时取消选择所有文件
- 确保在特征选项卡中显示准确的分子量
- 提高整体性能
- 修复了阻止更改新创建文件的默认作者的错误
- 确保遵守共享许可证的空闲超时
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